Обща администрация
Дирекция "Административно-правно обслужване и финансови дейности"
Изготвя бюджета за приходите и разходите, организира и контролира финансово-счетоводната дейност. Осъществява дейности по управление на човешките ресурси. Организира и осъществява деловодната и архивната дейност в Националния съвет. Организира внедряването и поддържането на информационни системи и информационни бази данни.
Специализирана администрация
Дирекция „Регулаторни режими и оценка на здравните технологии“
Извършва юридически оценки на подадените заявления. Осигурява правно-нормативното обслужване и процесуално представителство. Организира проучването на резултатите от прилагането на нормативните актове, свързани с дейността на Националния съвет. Организира/участва в дейността на Координационната група и създадените към нея подгрупи по чл. 3 от Регламент 2021/2282 относно оценката на здравните технологии на лекарствените продукти, медицински изделия и медицински изделия за инвитро диагностика. Организира/участва в извършването на дейностите, свързани с оценката на здравните технологии на лекарствените продукти.
Дирекция „Управление, анализи и контрол“
Организира подготовката на заседанията на Националния съвет. Изготвя становища и разработва предложения за решения по въпроси, свързани с регулирането на цените на лекарствените продукти, и осъществява координация и взаимодействие с компетентните органи на други държави членки по въпросите на ценообразуването на лекарствените продукти. Извършва икономически оценки на подадените заявления. Координира и контролира дейностите по генериране на уникален национален номер за идентификация на всеки лекарствен продукт и вписването му в регистъра по чл. 259, ал. 2, т. 4 от ЗЛПХМ. Води и съхранява публичните регистри на Националния съвет. Извършва административно – наказателна дейност.