Националният съвет по цени и реимбурсиране на лекарствените продукти е носител на наградите:
"Иновации в държавната администрация“ за 2016 г. на Българската Асоциация по Информационни Технологии
"Технологични решения за открито управление“ за 2017 г. на Института по публична администрация
Най-добър европейски обществен проект European Public Sector Award - EPSA2019 на Европейския институт по публична администрация (EIPA)